2001年9月25日，喬丹再次宣佈復出，並和華盛頓巫師簽訂為期2年的合同。喬丹在巫師第一個賽季場均拿下23分。喬丹將在公牛時的教練Doug Collins請來巫師，試圖提升這支球隊的實力。但在兩年間，巫師均未打入季後賽。 2003年，喬丹黯然退役。

雖然在第二次復出之前，垂暮之年的喬丹已經不再是巔峰狀態，但是他仍然具備很強的競爭性。

喬丹的巫師隊友 Richard Hamilton在參加All The Smoke播客節目時爆料稱，巫師隊友Bronta Laron Profit當時曾對MJ噴垃圾話，結果那個賽季就被交易去了魔術。

Hamilton表示，當時，自己和Bronta Laron Profit在訓練中偶爾和喬丹互噴垃圾話。但在一次巫師的隊內訓練中，Bronta Laron Profit在一次與喬丹的對抗中取得了勝利，他沖喬丹說，“你這樣已經過氣的老傢伙根本防不住我。”

要知道，喬丹當時可是巫師的小老闆、籃球運營總裁。2001年8月，喬丹就把這位兄弟送去了奧蘭多魔術。

Hamilton回憶，當時他馬上感覺到喬丹“怒不可遏”，而這種情緒一直到熱身賽開始。“甚至到我去參加離隊會談時，喬丹依然很憤怒，他當時是球隊籃球總裁，而我去和他進行離隊會面，他就像說，‘好的，你知道的，你的哥們，你的兄弟，他要滾蛋了。’但是你會繼續留在這里，就你自己，你的兄弟不會獲得續約了，你會留在獨自一人的孤島。”

而在與喬丹搭檔的2001-02賽季，Hamilton場均20分，也是巫師最耀眼的球星，但是巫師將他作為優質籌碼交易去了活塞，換來了Jerry Stackhouse，後者連續2年入選全明星，2001-02賽季場均接近30分。

但是喬丹看人不准的魔咒在繼續，Stackhouse加盟巫師後表現一落千丈，Hamilton卻跟隨活塞在2004年橫掃湖人奪得總冠軍。